尽管当前财政体制改革不断深化，行政事业单位财务管理不断加强，但从近几年的情况来看，仍存在一些不容忽视的问题。
一、存在的主要问题
（一）财务管理职能弱化。
一是重核算轻管理，甚至将财务管理等同于会计核算；二是尚未摆脱资金供给制下“记账、算账、报账”的模式，财务管理的职能没有发挥出来；三是财务实行集中核算，只能审核支出事项和凭证的合理性、合法性，支出是否合符实际无法全程监督；四是资产的所有权，与管理权、经营权分离，导致财务管理失控；五是财务机构设置和财务人员配备不合规；六是用会计报表和年终决算的编报说明代替财务分析报告，没有客观、深入地反映单位的财务收支状况及存在的问题；七是忽视资金使用前的预测和使用中的控制，对财务收支的考核只追求账面平衡，缺乏对资金使用效率的考核。
（二）会计管理工作混乱。
一是部分单位的会计工作已经进入了电算化，而另一部分单位仍然采用传统的手工记账方法，致使会计的核算不统一；二是会计核算不能完整地记录财务信息，常出差错；三是单位内部业务机构不能完整地为财务机构提供相关资料，导致业务与财务之间的联系断裂；四是票据管理混乱；五是往来挂账数额大，影响资产负债的真实性。
（三）内部制约机制不健全。
一是许多单位制度是挂在墙上给上级检查看的，内部并未严格执行；二是财务管理制度操作性不强，过于笼统、定义模糊，执行起来无所适从；三是不相容职务未分离，导致管账、管钱与用钱、管物同为一体，缺乏制约。
（四）财务不够公开透明。
大部分单位一是没有成立民主理财监督小组；二是没有完全公开财务计划情况和经费收支情况；三是在公开形式上没有做到：公布地点公众化，公布内容具体化，热点问题专门化，时间要求明细化。
（五）部分财务人员素质不能满足财务工作需要。
在现行会计管理体制下，各单位财会人员在业务上受财政部门领导，在行政上受本单位领导，财政部门对会计人员不能进行有效的考核和监督，导致有的财会人员法制观念淡薄，缺乏职业操守，在行政权力和经济利益的双重驱使下，按领导的意图做账，违规操作；有的单位将不具备财务能力人员安排在会计岗位；有的财务人员未经培训，无证上岗；有的单位领导根据自己的意志随意变更会计人员，导致财会队伍人心不稳、素质不高。
（六）预算编制及执行管理不规范。
一是有的单位编制预算不完整、不全面、不规范，没有反映本单位财务收支的全貌和工作重点；二是在资金使用过程中，无计划、无控制，支出审批和报销程序不规范，没有很好地发挥预算应有的约束作用；三是未严格执行“收支两条线”规定，部分收支未纳入财政预算统一管理，如：发票工本费收入、房屋租金和广告牌租金收入、机关食堂承包收入、下属单位上缴收入、固定资产处置收入等未纳入财政预算统一管理。
（七）资产管理不规范。
一是购置资产未通过政府采购程序，自建或维修固定资产未按规定实行招投标、签订承包合同、办理工程验收和决算；二是对采购资产缺乏监督，导致购入的资产质次价高；三是未办理任何手续，擅自核销债权、处置资产；四是将固定资产产权分割或转让给所属单位，其分割或转让款长期挂账；六是对资产不进行定期盘点，对损坏或丢失的资产无人追究，造成资产账实不符；七是购置固定资产直接列经费支出；八是自建固定资产已交付使用多年，仍未办理峻工结算，未转固定资产。
（八）弄虚作假，套取国家财政资金。
一是以虚报、多报人数的手法套取各种补贴、助学金等；二是以虚假项目或以申报新技术研究名义套取项目资金；三是以虚列工程量的方式套取工程配套资金；四是假借其他公司名义套取国家建设资金。
（九）挤占挪用专项资金和项目经费。
一是临时调度专项资金作其他支出；二是存在专项资金外借行为；三是以会员、考察等名义将专项资金中的培训经费用于组织观光、旅游；四是将培训资金变相用于行政管理费；五是在项目资金中提取工资经费；六是将专项资金存储利息转为工作经费，用于人员经费、公用经费等经常性支出；七是用虚报冒领或做假账的手法挤占挪用专项资金和项目经费。
（十）违规发放钱物。
有部分单位政策外违规发放钱物。如：误餐补助、春节值勤补助、未年休人员工资报酬、在职正式人员出差补助、绩效考勤奖、防尘费、过节费、加班费、取暖费、降温费、高温津贴、下乡补助、工会福利费、交通费、平安奖、中考奖、调研奖、宣传稿件采用奖、各种物资等。
（十一）“三公经费”和会议费控制不严。
一是部分单位“三公经费”和会议费支出仍在增长；二是个别单位超标车辆仍在使用；三是隐瞒“三公经费”和会议费支出，将部分“三公经费”和会议费支出列入项目支出或其它支出等会计科目进行核算；四是将部分“三公经费”转移到下属单位列支。
（十二）报账票据不规范。
一是白条报账、白条抵库的现象较为严重；二是以商店购买的收据代替发票报账；三是报销不按发票规定用途使用的发票，如以零售、批发商业发票代替饮食服务行业的发票；四是报销不按发票规定要求开具的发票；五是报销与工作无关的购物发票；六是报销同城住宿发票；七是报账发票及其附件不规范。
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《关于行政事业单位财务管理的调查报告》
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